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技术专家和应用专家亮相曙光SCC13大会
  •   9月24日,由曙光公司主办,中国科学院计算机网络信息中心协办的第二届曙光超算技术大会(ssc13)在北京召开。此次会议以汇“技”智慧深植应用为主题,汇集了来自中国科学院计算机网络信息中心、
      9月24日,由曙光公司主办,中国科学院计算机网络信息中心协办的第二届曙光超算技术大会(ssc13)在北京召开。此次会议以汇“技”智慧深植应用为主题,汇集了来自中国科学院计算机网络信息中心、中国科学院北京生命科学研究院、中国科学院微生物研究所、中国科学院高能物理研究所、中国科学院计算技术研究所、中国科学院地质与地球物理研究所等多领域业内权威的专家以及nvidia、intel、mellanox、nag等软硬领导厂商,并同与会者一起探讨中国高性能计算的创新与应用发展方向,帮助用户了解高性能领域的前沿技术。
      
      第二届曙光超算技术大会(ssc13)
      
      应用专家:
      
      1、中国科学院计算机网络信息中心研究员金钟
      
      嘉宾介绍:1997年7月毕业于北京大学,获学士学位;2006年7月毕业于美国emoryuniversity,cherryloganemerson科学计算中心,获博士学位。现任中国科学院超级计算中心多学科/重点科学大规模计算软件与实现主管、计算化学虚拟实验室执行负责人兼技术主管和中美联合科学计算中心执行负责人。
      
      近年来,作为项目负责人主持国家863计划重大项目1项(“高性能计算化学应用系统”)、cnic青年基金1项(“基于e-science应用的高性能计算化学增值服务模式研究”),国际合作项目2项。作为主要成员先后参加并完成科技部、基金委、中科院和美国国家科学基金(nsf)、能源部(doe)、onr(officeofnavalresearch)资助科研项目、课题十余项。主要从事高性能计算应用和并行软件实现、应用网格、高性能计算化学软件算法和应用技术等交叉学科方面的研究工作,先后发表论文三十多篇,其中sci收录十余篇。
      
      演讲主题:面向中科院新一代超级计算机era的应用
      
      主题概述:目前,我国高性能计算机的硬件研制水平已达到国际领先水平,但应用软件的研发和应用水平却大大滞后于硬件的研制。中国科学院作为我国高性能计算应用的先锋和“国家队”,在应用研发和高性能计算的应用领域一直处于国内的前列。而随着中国科学院“十二五”科研信息化项目的开启,第六代超级计算机era的研制与部署已步入快车道。我们将介绍针对era的应用开展和预研成果。
      
      2、中国科学院北京生命科学研究院研究员赵方庆
      
      嘉宾介绍:赵方庆,博士,研究员。中科院“百人计划”入选者。2001年获青岛海洋大学海洋生物学、计算机技术及其应用专业学士学位。2006年在中国科学院海洋研究所获博士学位,研究方向为海洋微藻的进化基因组学。2006年7月至2007年底在美国宾州州立大学生物化学和分子生物学系做博士后研究,方向是光合微生物的基因组学。2008年1月至2010年底在该校的比较基因组学和生物信息学研究中心,从事计算生物学的研究工作。2010年10月被中国科学院北京生命科学研究院聘为“百人计划”研究员,主要研究方向为计算基因组学。现为中国科学院北京生命科学研究院计算生物学联合研究中心秘书长。目前已在国际刊物上发表研究论文30余篇。
      
      演讲主题:高性能计算与基因组科学
      
      主题概述:新型高性能仪器设备的开发和运用,一直推动着科技的不断创新和进步,也在生命科学相关领域的发展中发挥着不可替代的作用。近几年来,以新一代测序仪和质谱仪等为代表的大型仪器设备,在基因组学和蛋白质组学分析中得到了广泛的应用,通过生成大规模数据实现了真正意义上的“组学”研究,并对学科发展产生着极其深远的影响。然而,新一代的检测技术也从根本上撼动了传统的组学数据分析模式,在计算生物学算法方面给研究者们带来了巨大的挑战。当前对基因组学的研究已经不仅仅局限于序列的测序与组装,更多的是通过大规模深度测序识别基因组结构及其变化的生物学意义,如通过基因组测序来认识疾病的发病机理与进化发展过程,从而来防止疾病的发生或找出医疗的方法。针对第二代测序仪生成的大规模测序数据,并行化和自动化的高性能计算有助于进行高效的序列处理,分析各类基因组学问题,帮助研究者更加快速准确地从海量、零散的信息中挖掘出生物学本质。
      
      3、中国科学院微生物研究所副研究院张新宇
      
      嘉宾介绍:
      
      张新宇,博士,副研究员。1995年获山东大学生物化学学士学位。2007年在清华大学获博士学位,研究方向为生物信息学。2009年至2011年在清华大学计算机系做博士后研究,方向是异质高通量数据整合算法研究。2011年3月至今在中国科学院微生物研究所真菌学国家重点实验室负责生物信息学平台,任创新性平台中心主任。目前已在国际刊物上发表研究论文20余篇。
      
      演讲主题:高通量测序生物信息学平台及分析案例简介
      
      主题概述:着人类基因组测序计划的完成,以及下一代测序技术的迅速推广普及,全球两千多台测序仪每时每刻都在产生数以t计的测序数据,数据的产生速度远超数据储存和计算能力增长速度。如何管理以及全面分析这些生物学数据,从中去粗取精,去伪存真,并提取其中的生物学知识,已经成为生物学家和生物学实验室的难题。在此,我们介绍一个以曙光高性能计算集群系统作为硬件支持,以国际先进流行的专业分析流程作为软件系统,通过生物信息学专业团队构建的一个高通量数据分析平台。该平台架构于功能基因组学,比较基因组学,系统生物学等三个不同层次,可以对基因组和转录组测序数据以及蛋白质组数据进行深入分析,包括从测序生数据质控开始,一直到系统生物学分析(对各种组学数据的整合)。该平台自2011年建设以来,已经成功分析了14个新测序的真菌基因组和转录组,2个放线菌基因组及转录组,合作发表sci论文5篇。
      (nero)
      
      9月24日,由曙光公司主办,中国科学院计算机网络信息中心协办的第二届曙光超算技术大会(ssc13)在北京召开。此次会议以汇“技”智慧深植应用为主题,汇集了来自中国科学院计算机网络信息中心、